全自動軟水器采用美國富萊克（FLECK）全自動控制器來控制閥設備全自動運行，通過鈉型陽離子樹脂來進行交換反應。當原水通過多路閥進入到軟水器中，原水中的鈣鎂離子（即硬度）便會與陽樹脂中的鈉離子發生反應，從而使水中的鈣鎂離子被鈉離子所吸附，從而起到軟化的作用。其化學反應式為[2RNa+Ca2+( Mg2+)=R2Ca(Mg)+2Na+]當鈣鎂型離子（即失效離子）達到一定程度后，出水硬度增大，便需通過氯化鈉濃溶液來進行再生置換反應，使離子重新恢復至鈉型。其化學反應式為[R2Ca+2Na+=2Rna+ Ca2+]在反應過程中，通過富萊克（FLECK）多路閥的控制，軟水器會自動反沖洗（將樹脂疏松，以利于鹽濃溶液能更充分地與鈉離子進行反應）、吸鹽再生及慢清洗（使飽和鹽溶液充分地與鈉離子進行置換反應，同時進行慢清洗，以清洗掉水中的硬度），快沖洗及鹽水重注、（用以沖掉水中的殘余硬度及鹽份，并且往鹽箱內注水，以便為下次再生做準備）。

全自動軟水器控制三種方式：
時 間 型：到設定時間開始還原，*短周期為一天，適用于空調系統等用水量穩定的系統供水。具有控制方式簡單、成本低、操作簡便的特點；

流 量 型：流量達到設定值時開始還原，適用于所有的系統供水。該方式精確度高，出水穩定可靠，設有記憶功能，停電后不需要重新進行數值設定；

微電腦型：系統由2-3臺自動軟水器進行組合，完全實現電腦程序控制，如配用中央控制器，可實現遠程控制，計算機經過微處理器可以隨時監控每臺軟水器的工作狀態，顯示和存儲信息，隨機設定工作和再生條件。適用于自動化程度較高的系統供水。